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Région pauvre en SNP

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  • Région pauvre en SNP

    Bonjour,
    J'ai exporté mon kit adn my heritage sur family tree. Sur my heritage j'ai sur le chromosome 1 trois correspondants triangulés et sur my heritage une partie de ces zones triangulées ne sont pas reconnues car trop pauvres en snp pas testee pour my finder. j'aimerais comprendre cette différence. merci

  • #2
    Originally posted by SHIRLEY R View Post
    Bonjour,
    J'ai exporté mon kit adn my heritage sur family tree. Sur my heritage j'ai sur le chromosome 1 trois correspondants triangulés et sur my heritage une partie de ces zones triangulées ne sont pas reconnues car trop pauvres en snp pas testee pour my finder. j'aimerais comprendre cette différence. merci
    Via Google Translate, with tweaking:
    SNP poor area

    Hello,
    I exported my DNA kit from my heritage to family tree. On my heritage I have on chromosome 1 three triangulated correspondents [matches?] and on my heritage some of these triangulated areas are not recognized because too poor in snp not tested for my finder. I would like to understand this difference. thank you
    Please see the page for Chromosome Browser in the FTDNA Learning Center. In the FAQ section, see "On the Chromosome View, what do the striped, gray segments mean?" There, it says:
    On the Chromosome View, the striped, gray segments signify that the region is “SNP Poor.” That is, the microarray chip did not include enough data points in this area to make a scientifically sound judgment about whether or not the match’s segment is Identical By Descent (IBD). When segments that cross these areas are evaluated for IBD status, they are treated as two separate segments, one on each side of the SNP Poor area.
    If the regions where the triangulated segments for your matches are on or over the centromere, see the page "How does the Family Finder program account for the centromere?" where it says:
    Our bioinformatics team treats centromeres as SNP Poor regions. We use a hard stop for matching across each centromere. This assures that DNA segments (blocks) are truly Identical by Descent (IBD) and not Identical by State (IBS). If you seem to have an IBD segment that crosses the centromere, we evaluate it as two segments, one on each side of the centromere.
    From the FTDNA Glossary:
    Centromere
    A centromere is one of the parts of each chromosome. It is a dense area that joins together the two chromatids (arms) of each chromosome.

    Identical by Descent (IBD)
    IBD stands for identical by descent. This means the DNA matches because it comes from a common ancestor. IBD can refer to a single mutation or to a segment of DNA. If a mutation or segment of DNA is IBD among a group of people, it comes from a common ancestor.

    The Family Finder relationship predictions require a minimum number of results in a row to be identical in order to identify that the segment is likely to be IBD.

    Identical by State (IBS)
    IBS stands for identical by state, meaning the DNA matches by coincidence. When two individuals share numerous individual results without being related, those results are IBS.


    My French is poor, so again, using Google Translate (of my reply above):
    Mon français est pauvre, donc encore, en utilisant Google Translate (de ma réponse ci-dessus):
    Veuillez consulter la page du navigateur de chromosomes dans le centre d’apprentissage FTDNA. Dans la section FAQ, voir "Dans la vue Chromosome, que signifient les segments gris en rayures?" Là, on dit:
    Sur la vue chromosomique, les segments gris et rayés signifient que la région est" SNP Poor ". En d'autres termes, la puce de micropuce n'a pas inclus suffisamment de points de données dans cette zone pour permettre un jugement scientifique correct sur le fait que le segment de correspondance soit ou non Identique par descendance (IBD). Lorsque les segments qui traversent ces zones sont évalués en tant que statut IBD, ils sont traités comme deux segments distincts, un de chaque côté de la zone médiocre SNP.
    Si les régions où les segments triangulés de vos correspondances se trouvent sur ou au-dessus du centromère, reportez-vous à la page "Comment le programme Family Finder comptabilise-t-il pour le centromère?" Où il est dit:
    Notre équipe de bioinformatique considère les centromères comme des régions pauvres en SNP. Nous utilisons un arrêt difficile pour faire correspondre les centromères. Cela garantit que les segments d'ADN (blocs) sont vraiment identiques par descente (IBD) et non identiques par État (IBS). pour avoir un segment IBD qui traverse le centromère, nous l’évaluons en deux segments, un de chaque côté du centromère.
    Du glossaire FTDNA:
    Centromère
    Un centromère est l’une des parties de chaque chromosome. C'est une zone dense qui réunit les deux chromatides (bras) de chaque chromosome.

    Identique par descendance (IBD)
    IBD signifie identique par descente. Cela signifie que l'ADN correspond parce qu'il provient d'un ancêtre commun. IBD peut désigner une seule mutation ou un segment d'ADN. Si une mutation ou un segment d'ADN est une IBD parmi un groupe de personnes, il provient d'un ancêtre commun.

    Les prédictions de relation Family Finder nécessitent un nombre minimal de résultats d'une ligne pour être identiques afin d'identifier le segment susceptible d'être une IBD.

    Identique par Etat (IBS)
    IBS signifie identique par état, ce qui signifie que l'ADN correspond par coïncidence. Lorsque deux personnes partagent de nombreux résultats individuels sans être liées, ces résultats sont IBS.

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    • #3
      The idea that a match shouldn't extend across the centromere is pernicious. What matters is the (recombinational) genetic map length of the available markers that flank the centromere. For most human chromosomes, the width of the centromeric region is extremely small -- maybe 1 cM or even much less. The idea that segments are somehow being disrupted by rampant recombination in the vicinity of the centromere, and that that will lead to false matches, is not supported by the (recombinational) genetic map. If there's some logical reason for a different treatment of centromeric regions, I would like to hear it.

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